錢永健1995年當選美國醫(yī)學研究院院士，1998年當選美國國家科學院院士和美國藝術與科學院院士。

　　錢永健獲得重要獎項包括：1991年，帕薩諾基金青年科學家獎；1995年，比利時阿圖瓦－巴耶－拉圖爾健康獎；1995年，蓋爾德納基金國際獎；1995年，美國心臟學會基礎研究獎；2002年，美國化學學會創(chuàng)新獎；2002年，荷蘭皇家科學院海內(nèi)生物化學與生物物理學獎；2004年，世界最高成就獎之一以色列沃爾夫醫(yī)學獎。

　　為何獲得諾獎

　　上世紀60年代，在普林斯頓大學試驗所工作的科學家下村修在北美西海岸的水母中首次發(fā)現(xiàn)了一種在紫外線下發(fā)出綠色熒光的蛋白質(zhì)，即綠色熒光蛋白（GFP）。下村一家花了數(shù)月時間，從海里捕撈了約5萬只、總計2.5噸的熒光水母，并從中純化了數(shù)百毫克熒光蛋白。不過，當時他并不覺得這種熒光蛋白除了好玩好看之外究竟能有什么用。下村修離開普林斯頓大學到Woods Hole海洋研究所后，他的同事道格拉斯·普瑞舍對利用熒光蛋白做生物示蹤分子非常感興趣。歷經(jīng)數(shù)年努力，他終于在1992年將GFP熒光蛋白的基因克隆出來(如今這種克隆工作可迅速完成)——但他的科研資金也恰好用完了，無奈之下只好把基因送給了其他幾個實驗室。

　　其中兩個獲贈者，就是后來與下村修分享諾貝爾獎的錢永健和哥倫比亞大學的馬丁·沙爾菲，他們分別將普瑞舍克隆的基因轉(zhuǎn)進了其他生物中。

　　錢永健則利用基因突變的方法對GFP做了改造，讓它發(fā)出的光更強也更穩(wěn)定。此外，GFP原本只能發(fā)出綠光，而錢永健通過基因改造，衍生出各種顏色的熒光蛋白，為同時追蹤多種生物細胞變化的研究奠定了基礎。錢永健走出的這一步可以說是綠色熒光蛋白（CFP）開發(fā)歷程的“最后一步”。他的主要貢獻是在下村修和沙爾菲研究的基礎上，讓人們理解了GFP發(fā)出熒光的機制，令在同一時間跟蹤多個不同生物學過程成為現(xiàn)實。最終，下村修、沙爾菲和錢永健分享了2008年諾貝爾化學獎。

　　利用熒光蛋白，人們可以通過簡單的基因工程將其與其他目標蛋白耦連，并借此觀察、跟蹤目標蛋白在細胞中隨發(fā)育過程或外界刺激的變化，甚至可以在活細胞、活體動物中觀察到一些分子的活性變化，讓熒光顯微技術得到巨大飛躍。在熒光蛋白的幫助下，外科醫(yī)生可精確移除腫瘤。