1990年代，國民黨出現(xiàn)“主流”、“非主流”的政爭。洪玉欽當時屬主流陣營，一路捍衛(wèi)李登輝的本土政策。由于他對本土立場的堅持，因此在連戰(zhàn)、馬英九、吳伯雄擔任主席的時期，他都曾在中常會上建言，要求將“中國國民黨”改名為“臺灣國民黨”，雖然提議都造成重大爭議話題，卻也屢遭反對，提案不了了之。
從另一個角度來看，洪玉欽卻也是積極促進兩岸交流的重要人物。今年5月底南寧市副市長吳煒所率的經(jīng)貿(mào)考察團，還特別到臺南拜會洪玉欽及臺商代表，可見洪玉欽并沒有局限在本土思維。
1987年，洪玉欽曾獲黨內(nèi)提名，競選臺南縣長，與民進黨的陳唐山對壘。但陳唐山將自己成功塑造為“新臺灣”的代表，洪玉欽慘敗。所以他連任“立委”，并在1999年他出任政策會執(zhí)行長，與新任“立法院”正副院長王金平、饒穎奇一起運籌帷幄，與民進黨抗衡，直到04年落選后，才將政策會執(zhí)行長職務交給曾永權(quán)。
值得注意的是，每逢“立委”敗選，從政之路遭到阻斷，洪玉欽總能在黨內(nèi)中常委選舉中大放異彩，多次當選第一名中常委，恢復政治發(fā)言的空間，包括這次中常委選舉亦然，沒有意外。
有人分析，洪玉欽平日積極經(jīng)營基層，出手大方，所以能在黨內(nèi)選舉屢次獲勝。但臺南縣綠大于藍，民進黨執(zhí)政后尤甚，讓擅長打“組織戰(zhàn)”、“樁腳戰(zhàn)”的洪玉欽陷入苦戰(zhàn)。
