第二屆、第三屆：陳秀雄
正新橡膠工業(yè)董事長(zhǎng)陳秀雄是廈門市首批榮譽(yù)市民。在擔(dān)任會(huì)長(zhǎng)期間，他把自己租用的寫(xiě)字樓騰出來(lái)作為協(xié)會(huì)辦公處，之后他發(fā)起了廈門臺(tái)商會(huì)館的集資建設(shè)，使之成為大陸首個(gè)臺(tái)商會(huì)館。
第四屆：賴敏聰
華懋集團(tuán)董事長(zhǎng)賴敏聰人稱“賴博士”，他是美國(guó)德州大學(xué)物理學(xué)博士，是歷年來(lái)學(xué)歷最高的市臺(tái)協(xié)會(huì)長(zhǎng)。在兩岸關(guān)系緊張的1998年到2000年，賴敏聰?shù)仍趶B臺(tái)商積極奔走，呼吁兩岸“三通”，推動(dòng)廈金直航。
第五屆：黃鐵榮
2001年“9·8”投洽會(huì)，廈門臺(tái)商會(huì)館落成，時(shí)任會(huì)長(zhǎng)正是黃鐵榮。2001年2月2日，距廈金“小三通”首航恰滿一個(gè)月，黃鐵榮與11位臺(tái)商協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)、理事，從金門乘船直航抵達(dá)廈門，實(shí)現(xiàn)了臺(tái)商、臺(tái)胞第一次從臺(tái)灣島內(nèi)經(jīng)金門前來(lái)大陸的“準(zhǔn)直航”。
第六屆、第七屆：吳進(jìn)忠
來(lái)明眼鏡（廈門）有限公司董事長(zhǎng)吳進(jìn)忠做了兩屆會(huì)長(zhǎng)，難怪他會(huì)說(shuō)“把青春獻(xiàn)給廈門”。在擔(dān)任會(huì)長(zhǎng)期間，吳進(jìn)忠致力于推動(dòng)兩岸交流，因此成為廈門和金門兩地的榮譽(yù)市民。
第八屆、第九屆：曾欽照
多威電子公司董事長(zhǎng)曾欽照也做了兩屆會(huì)長(zhǎng)。在他任上，大陸臺(tái)商面臨勞動(dòng)力成本上升、產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)型升級(jí)等難題，尤其2008年全球金融危機(jī)破壞性極大，他與廈門臺(tái)商齊心協(xié)力共渡難關(guān)。
第十屆：黃如旭
黃如旭1989年開(kāi)始在廈門投資，在他擔(dān)任會(huì)長(zhǎng)的3年里，80%的時(shí)間都花在協(xié)會(huì)事務(wù)上。在他任內(nèi)，臺(tái)協(xié)會(huì)員企業(yè)增加20%，高達(dá)28層的臺(tái)商總部大廈動(dòng)工興建。
第十一屆：陳信仲
“古稀臺(tái)商”陳信仲人稱“帥哥董事長(zhǎng)”。他任內(nèi)勤走訪會(huì)員企業(yè)，為他們排憂解難，并帶領(lǐng)臺(tái)商掘金自貿(mào)區(qū)商機(jī)。
